時代は、明治に移った。加古川舟運は自由競争の時代になり、 高瀬舟による運送は、一時江戸時代にもまして盛んになった。明治四年の廃藩置県、それに続く地租の改正（金納）。
時代は大きく変わった。従来の領主の貢米がなくなり、それにたよっていた多くの問屋が没落した。そして、新しい米穀商を兼ねた商人が活躍するようになった。しかし、そんな時代も長く続かなかった。やがて高瀬舟の時代は幕を閉じることになる。
息の根を止めたのは、大正二年（1913）の播州鉄道（現：ＪＲ加古川線）の開通であった。
以後、物資は鉄道輸送に代わり、高瀬舟は運行を止めた。船子や問屋は、次々と解体された。素朴で頑丈な舟板は、あちこちの家の土蔵の外張りに姿を変え、現在わずかにその名残を留めている。写真は、工楽家（高砂町今津町）の腰板で、高瀬舟を再利用したものである。